Olej z pierwszego tłoczenia łącznie z olejem ekstrahowanym to tzw. olej surowy, który prócz triacylogliceroli zawiera jeszcze wiele substancji, nie zawsze korzystnych dla zdrowia. Dlatego też prowadzi się jego oczyszczanie.
Zanieczyszczenia mechaniczne najczęściej usuwa się przez filtrowanie lub wirowanie. Związki szkodliwe, takie jak np. pestycydy, metale ciężkie, toksyczne związki siarkowe i inne usuwane są w procesie rafinacji oleju. Surowe tłuszcze mają najczęściej ciemną barwę i nieprzyjemny aromat, zawierają różne substancje powodujące mętnienie oleju oraz maja zazwyczaj krótki okres przydatności do spożycia. Cechy takie nie są akceptowane przez konsumentów, dlatego też substancje barwne i zapachowe również usuwane są w procesie rafinacji. Jest to proces złożony i składa się z kilku etapów: odszlamowania, odkwaszania, odbarwiania i odwaniania.
Część nasion roślin oleistych zawiera woski, które powodować mogą mętnienie. Dlatego niektóre oleje, np. słonecznikowy i kukurydziany, poddaje się dodatkowemu procesowi winteryzacji, czyli wymrażania. Następnie oleje filtruje się i ewentualnie dodaje do nich substancje przeciwutleniające.
Rysunek 2. Proces produkcji oleju rzepakowego.
Oleje powstają w różnych procesach obróbki nasion roślin oleistych. Jak sama nazwa wskazuje, oleje tłoczone na zimno pozyskuje się w temperaturze dużo niższej niż oleje rafinowane. Najczęściej tłoczy się je w temperaturze około 40-50°C. Oleje, które nie są tłoczone na zimno, tłoczy się z nasion w dużo wyższej temperaturze, a następnie poddaje się je rafinacji, czyli procesowi oczyszczania. Oleje tłoczone na zimno mają ciemniejszą barwę oraz charakterystyczny zapach, są również mniej trwałe niż oleje rafinowane.